然而，我国经济增长已由高速转为中速，财政收入增长率也已下滑。2013年由于部分节能产品补贴政策到期后不再执行，全国节能环保支出的预算执行额由2012年的1998.4亿元下降到1803.9亿元，仅完成2013年度财政预算安排支出的85.8%.2014年财政预算安排节能环保支出2109亿元，仅仅稍高于 2013年2101亿元的预算支出安排。出现这些与治理环境污染大趋势要求不适应的情况说明，我国在增加环保投入方面还面临不少难题，必须予以破解。
首先，还是要提高政府环保投入能力。一是尽快征收环境税，并专项用于环境治理。二是要提高排污收费征收标准。我国对污染物排放的财政收费标准制定不科学，只对超标排放收费，而且收费标准较低。另外，要下决心进一步增加环境保护预算资金。
其次，要解决地区环保投入不平衡问题。我国不同地区经济发展水平不同，环保财政支持能力存在差异。全国《2012年环境统计年报》显示：2012年，全国有7个地区环境污染治理投资占GDP比重较低，低于1%，有5个地区的投资为负增长。这些地区大部分位于东部和中部，有的经济发展水平很高。要改变这种局面，一方面要加大中央对地方政府在环保工作方面的考核力度，另一方面中央要尽快将环境因素纳入到财政转移支付体系中，加大转移支付力度。
第三，要充分发挥环保服务企业的作用。从事城镇污水、垃圾处理等业务的环保服务企业不但可以减少政府和一般企业在环保中的困难，而且在环保投资方面也越来越发挥难以替代的作用。我国环保服务企业目前多数还处于发展初期，因此特别需要国家政策激励。
另外，要进一步提高一般性企业的环保投入。企业是环保投资的主体，国家应颁布、修改法律法规，提高相关污染物排放标准，同时加大执法力度，使企业必须进一步增加环保技术和设备的投资，以减少污染物排放，更加清洁地生产。
