内地企业投资者要征所得税
通知指出，内地个人投资者、内地企业投资者通过深港通投资香港联交所上市股票的转让差价所得，前者自2016年12月5日起至2019年12月4日止，将暂免征收个人所得税，后者取得的转让差价所得计入其收入总额，依法征收企业所得税。
对内地个人投资者通过深港通投资香港联交所上市H股取得的股息红利，H股公司按照20%的税率代扣个人所得税。内地个人投资者通过深港通投资香港联交所上市的非H股取得的股息红利，由中国结算按照20%的税率代扣个人所得税。个人投资者在国外已缴纳的预提税，可持有效扣税凭证到中国结算的主管税务机关申请税收抵免。
通知提到，内地企业投资者通过深港通投资香港联交所上市股票取得的股息红利所得，将计入其收入总额，依法计征企业所得税。其中，内地居民企业连续持有H股满12个月取得的股息红利所得，依法免征企业所得税。内地企业投资者自行申报缴纳企业所得税时，对香港联交所非H股上市公司已代扣代缴的股息红利所得税，可依法申请税收抵免。
同时，通知对香港市场投资者（包括企业和个人）投资深交所上市A股的税收问题也作出明确。香港市场投资者投资深交所上市A股取得的转让差价所得，暂免征收所得税。香港市场投资者投资深交所上市A股取得的股息红利所得，暂不执行按持股时间实行差别化征税政策，由上市公司按照10%的税率代扣所得税。
此外，通知对内地和香港市场投资者通过深港通买卖股票的增值税问题、转让股票的证券（股票）交易印花税问题以及香港市场投资者通过沪股通和深股通参与股票担保卖空的证券（股票）交易印花税问题给予明确。
预计北向资金偏好大盘蓝筹股
与沪港通相比，深港通将为投资者带来哪些新变化？哪些类股票将受到资金青睐？中信证券首席港股策略分析师杨灵修表示，从沪港通开通两年的北向成交情况来看，最受欢迎个股还是集中于传统优质消费和金融板块，并具有高股息率、大市值、较低市盈率等明显特征。
深港通开通后，北向资金有望延续对大盘蓝筹股的偏好。前海开源基金首席经济学家杨德龙说，当前，A股中蓝筹股估值处于低位，深港通开通有助于对A股大盘蓝筹股估值起到修复作用。
相对于大盘蓝筹股的低估值，A股中小市值股票的估值普遍偏高。杨德龙说，这类小盘股的表现或出现分化，有可能兑现业绩的成长性小盘股将受到资金追逐，相反，另一些估值偏高的小盘股走势或将不如A股中蓝筹股。
港交所近期发布的研究报告指出，沪港通的经验显示，内地投资者对于通过港股通投资港股的需求正与日俱增。数据显示，2016年6月沪港通南向交易日均成交额超过北向交易，为2015年4月来的首次，此后在2016年8月又再次超过北向交易日均成交额。
对此，市场也普遍预测，深港通开通后，资金或更期待深港通对应香港市场的投资机会。杨灵修说，“国内投资回报率下降，或成为资金南向流动的‘最原始动力’。目前保险、实业等‘聪明钱’已走在前面，未来预计其他资金将前赴后继。”
与沪港通相比，深港通纳入了市值50亿元港币及以上的恒生综合小型股指数成分股，扩大了港股中的小市值企业投资标的。杨德龙认为，港股中的小市值企业业务类型与内地企业类似，但估值较低，预计深港通开通后，内地资金或会投向这样的一些成长性股票。
“香港市场小市值企业股票的交易量会出现一定提升，但整体来看，港股中的大市值企业股票仍将是主要投资对象。”上海某大型券商海外策略分析师解释说，从港股通标的股票市值规模来看，大盘股的整体市值规模远大于小盘股，资金仍将以配置大盘股为主。
对于届时南下资金或会比北上资金多引发部分资金流出A股的情况，多位分析师认为不必过度担忧，南下的资金规模相对于A股市场整体的市值规模来讲很少，即使有一部分资金流入到港股，也不会影响到A股市场的资金面。
