理顺煤炭领域繁杂且沉重的税费和基金，正费清税、提税减费一直是煤炭资源税改革的一大重点及难点。此轮煤炭资源税改革按照清费立税、减轻煤炭企业税费负担的原则，将清除不符合法律的税费和基金。
《关于全面清理涉及煤炭原油天然气收费基金有关问题的通知》还专门指出，取消山西省的煤炭可持续发展基金，青海省的原生矿产品生态补偿费，以及新疆维吾尔自治区的煤炭资源地方经济发展费。此外，还对不同煤矿采取区别对待的原则。如，对衰竭期煤矿开采的煤炭，资源税减征30％。
但是，专家也指出，由于这些费和基金占一些煤炭大省财政收入的比重过大，要想真正清理并非易事。
