方案要求，有关部门和地方政府要牢固树立创新、协调、绿色、开放、共享的发展理念，围绕保障粮食等主要农产品供给安全、农民稳定增收和农业生态环境保护等目标，进一步提高农业补贴政策的精准性、指向性和实效性，促进农业可持续发展，加快农业现代化进程，实现农业强、农民富、农村美。
方案强调，建立以绿色生态为导向的农业补贴制度，要以现有补贴政策的改革完善为切入点，在确保国家粮食安全和农民收入稳定增长的前提下，突出绿色生态导向，将政策目标由数量增长为主转到数量质量效益并重上来。
全面推开农资综合补贴、种粮农民直接补贴和农作物良种补贴等农业“三项补贴”改革，鼓励各地创新补贴方式方法，切实加强农业生态资源保护，自觉提升耕地地力。鼓励发展多种形式的农业适度规模经营。支持建立健全全国农业信贷担保体系。稳步推进国内渔业油价补贴政策改革。
同时，注重发挥市场形成价格作用，充分利用国内国际两个市场和两种资源，调动农民和社会各方面积极性，提高补贴资金使用效率。
方案指出，要落实最严格的耕地保护制度，划定永久基本农田，完善保护补偿激励机制。实施“藏粮于地”“藏粮于技”战略，树立“量质并重”“用养结合”理念，多措并举，提升土壤肥力。探索耕地轮作休耕制度。启动实施新一轮草原生态保护补助奖励政策。扩大新一轮退耕还林还草规模，实施天然林保护全覆盖政策。建立湿地保护制度。发展节水灌溉、雨养农业，稳步推进农业水价综合改革。
