《意见》强调，要强化源头治理和管控。全面贯彻落实吉林省清洁空气、清洁水体、清洁土壤行动计划，突出抓好城市生活区、生产区和严控区环境管理。以全省东、中、西三大区域板块建设为载体，以重点生态功能区、生态环境敏感区和脆弱区为重点，科学划定生态保护红线，严格落实《生态保护红线区管理办法（试行）》。
《意见》提出，要建立职能明确的责任体系。建立“谁污染谁负责”“谁主管谁监管”的责任管理机制，落实辖区管理责任。市（州）政府加大对环境基础设施建设投入力度，突出对市区生态环境进行治理和监管，加强对所辖区内县（市、区）的工作指导；县（市、区）政府重点加强环保公共设施建设，落实辖区污染监管责任。
此外，《意见》指出，要不断完善创新监管制度，强化生态环境综合评价。要强化行政执法与司法衔接联动。加强生态环境行政执法与司法衔接，健全完善环保部门与司法机关的联席会议、重大环境案件挂牌督办等衔接机制。加大生态环境资源案件执行力度，对于涉及生态环境资源的案件优先立案、优先审理，实施生态环境资源案件审理的专门化。要坚持以县域管控区为单元，建立生态环境保护综合评价指标体系，按照《吉林省县域生态环境保护综合评价办法（试行）》，实行绿牌、蓝牌、银牌、黄牌和黑牌分类管理制度。
