2016年11月出台的《国务院深化医药卫生体制改革领导小组关于进一步推广深化医药卫生体制改革经验的若干意见》明确指出，所有公立医院取消药品加成，彻底破除以药养医。
毫无疑问，对于遏制“看病贵”这项顽疾，取消药品加成是一项必不可少的重要举措。然而，取消药品加成，并不等于完全卡住了“高药价”和“大处方”的脖子。
“医药分开”虽然必要，但必须与其他政策结合才能发挥效力。2016年12月24日，一则《高回扣下的高药价》的电视新闻曝光了医生吃回扣的问题，一时间掀起轩然大波。药品零加成或许可以切断机构与药品销售的利益关系，但医生多卖药、医药企业送“回扣”的链条并没有被完全斩断，医生仍有多卖药开“大处方”的动力。
中国社会科学院公共政策研究中心主任朱恒鹏指出，对医生来说，取消15%的药品加成基本不影响医生的处方行为，决定医生处方行为的是回扣。取消药品加成后，虽然医生给患者的每一盒药价格低了，但医生可以采取多开几盒的方式，“大处方”并未在源头被有效遏制。
一些地方医改办、公立医院院长等认为，以药补医是医院重要的收入来源，如果在医药分开没有明确路径的情况下推进医药分开，还需绩效考核、医保支付制度等协同配合改革，否则改革将“换汤不换药”，难以取得实效。
挂一个专家号6元钱，下一个心脏支架2万元；补一颗表层龋齿340元，根管治疗做一个烤瓷牙套一万二……单纯取消药品加成后，“以药养医”也有可能转向“以检查养医”、“以器械养医”。大型仪器等检查费用增加，仍然是患者“买单”。2016年11月，陕西咸阳的一位七旬老人，因上吐下泻被送往医院，2天内被安排做了57项化验，连梅毒、艾滋病、丙肝、乙肝等项目都包含在内，化验费近1500元。
记者调查发现，由于药品和耗材价格虚高，医疗技术服务价格偏低，本该靠技术吃饭的医生，却靠卖药、用设备等来生存。江苏省卫生厅副巡视员曾李少冬曾直言不讳地说：“很多骨干医生通过药品回扣等违法违规手段获得额外收入，目前是普遍行为。”
“由于政府对医院投入不足，很多医院需要靠自主经营，即赚患者的钱维持生存。”沈阳市口腔医院院长张桂荣说，目前医改方案尚未完全明确公立医院经营的资金来源，只提到对因“医药分开”而减少的收入加以补偿，即公立医院可能除了不依靠药品加成外，不排除还要靠检查费、治疗费等收入来生存。“尤其是在治疗费中，除了手术处置费、医疗仪器治疗费之外，最重要的是医疗材料及器械，如心脏支架、人工关节、人工股骨头等，不仅价格昂贵，而且还滋生腐败。虽然没有了’大处方’，但多了’大检查’、’大治疗’，患者因此而多付出的费用并不低于’大处方’。”
此外，还有医务工作者担心政府投入不足，政府无法完全兜底。采访中，一些公立医院负责人担心，医药分开后，各级政府是否能保证补偿到位，一旦经济状况变差，政府财政吃紧时，有限的财力如何确保对医疗机构的补偿。
朱恒鹏曾预测，到2018年可能大量公立医院，甚至包括大型三甲医院在内都会出现不同程度的亏损。“取消药品加成后，在新的补偿机制未完善前，尤其是政府投入不足的情况下，医院在一段时间内将面临困境，甚至举步维艰。医务人员的积极性也将在一定程度上被打压。”沈阳医学院奉天医院院长曾宪东说。
