财政部有关负责人解释说，财政赤字不是一般公共预算收入与一般公共预算支出简单相减得出的结果，还要考虑使用预算稳定调节基金、从政府性基金预算和国有资本经营预算调入资金、动用结转结余资金等因素（这些资金实际来源于以前年度财政收入，不能再重复列一般公共预算收入）。考虑以上因素后，我国财政赤字的计算公式为：财政赤字＝（全国一般公共预算收入+调入预算稳定调节基金和其他预算资金+动用结转结余资金）-（全国一般公共预算支出+补充预算稳定调节基金+结转下年支出的资金）。
以2015年为例，全国一般公共预算收入152269亿元，全国一般公共预算支出175878亿元。如果简单将两者相减，则差额为23609亿元，比当年全国人大批准的财政赤字目标16200亿元多7409亿元。按照公式计算，全国一般公共预算收入，加上调入预算稳定调节基金1000亿元、动用结转结余及调入资金7236亿元，收入总量为160505亿元；全国一般公共预算支出，加上补充预算稳定调节基金827亿元，支出总量为176705亿元。收入总量减去支出总量，全国财政赤字16200亿元。
同样道理，2016年全国一般公共预算收入159552亿元，全国一般公共预算支出187841亿元，差额28289亿元，比全国人大批准的财政赤字目标21800亿元多6489亿元，即为当年全国财政调入预算稳定调节基金和其他预算资金，以及动用的结转结余资金，其中主要是地方各级财政部门按照国务院关于盘活存量资金的要求和预算管理制度规定，加大结转结余资金使用力度的结果，没有增加地方政府债务，赤字与预算持平。2016年财政收支详细数据还在进一步汇总审核，将按程序报全国人大审议批准。
