流域水体达标方案编制主要有两个研究对象。一是水体本身，即要“下水”，充分识别并诊断研究流域的水环境问题。根据水环境现状调查分析与评估结果，全面分析未达标水体面临的主要问题和成因，识别当前亟须解决的症结问题，包括：流域水资源与水环境承载力的客观限制、流域产业结构和空间布局导致的水环境压力、流域污染源的污染负荷构成、流域水环境治理力度与差距、流域水环境监督管理能力与差距。二是污染来源，即要“上岸”，充分追踪水体中污染物的来源及其来源地区的自然、社会、经济与人口特征。包括土地利用状况、水文水资源现状等。必要时可以开展水文水质同步监测，并采用人口增长预测模型、经济社会发展预测方法等方法，预测区域人口增长、经济发展与水资源利用产生的污染排放总量及其变化趋势。
平衡三个关系
流域水体达标方案编制要平衡3个关系。
一是污染排放总量与水质的关系。根据研究流域水系的控制断面，建立“关键控制节点—控制河段—对应陆域”的水陆响应关系，构建覆盖未达标水体流域各控制单元的水环境基础数据库。根据污染源与水文水质特征，建立污染排放与水体水质之间的定量响应关系。采用已建立的污染排放与水质响应关系，计算出目标污染物允许排放量。
二是污染通量与水质的关系。在入海河流干流或与毗邻地市河流交界断面处设置通量监测断面，实施水文水质同步监测，每月监测一次。每次监测应包括两个潮周期，估算河流污染物入海通量或入境通量。根据对污染源入河量的背景贡献、污染物入海通量等多组数据进行平衡分析，从而计算出污染通量与水质之间的相关关系。
