一是自然保护区内违法违规现象比较普遍。多年来，国务院及环境保护部、国土资源部、国家林业局等部委多次联合发文对自然保护区有关问题进行解释、补充、规范。但从公开数据看，自然保护区内违法违规现象仍然比较普遍。
环境保护部南京环科所2016年对卫片数据分析的结果显示，我国2013年公布的407个国家级自然保护区中，405个存在人类活动现象，人类活动斑块总面积为242.43万公顷，占国家级自然保护区总面积的2.58%。从第一批中央环保督察公布的反馈情况来看，自然保护区违法违规问题不仅仅是甘肃省独有的问题，内蒙古、黑龙江、宁夏等多个省区相当数量的省级以上自然保护区内普遍存在数量多、规模大、范围广的农业开发整治、矿产探采、旅游开发等违法违规开发建设问题。
二是监管执法主体监管不到位、执法不严的问题比较突出。自然保护区条例规定，“国家对自然保护区实行综合管理与分部门管理相结合的管理体制，即国务院环境保护行政主管部门负责全国自然保护区的综合管理，林业、农业等有关行政主管部门在各自的职责范围内，主管有关的自然保护区”。条例要求有关主管部门成立自然保护区管理机构对自然保护区进行管理，但在实际执行过程中，无论是国家级还是省级以下的自然保护区，保护区管理机构一般由各级政府设立，大部分为市县地方政府直属机构，有的国家级自然保护区甚至由县政府部门的内设机构代管。
在实际的职能履行过程中，由于“官帽子”和“钱袋子”都是由地方政府管理，在经济发展和自然保护区保护的博弈过程中，地方政府经常会给保护区管理部门施以压力。此外，大部分的保护区管理机构未设置公安派出机构，无法进行执法，对很多违法违规问题难以监管；而地方各级环保部门虽然被授权可以对本行政区域内各类自然保护区的管理进行监督检查，但在实际的操作过程中，由于隶属关系不同和职务层级的差别，市县两级环保部门甚至很难进入自然保护区，很多情况下是有心无力。当然，由于一直以来的自然保护区的松散管理以及在一些具体问题上要求不明确、可操作性差等原因，部分自然保护区管理机构和地方环保部门对违法违规问题不按要求进行监管和执法的问题也比较突出。祁连山国家级自然保护区和中央环保督察反馈意见中的自然保护区监管执法问题，主要是以上因素的具体表现。
三是自然保护区权利人身份不明确，地权林权不清晰。我国设立了大量的不同级别、不同类别的自然保护区，保护区条例也明确了国家级、地方级自然保护区由有关主管部门进行管理，但对自然保护区的权利人身份、主管部门的权责，权利受损如何维权等问题未进行明确，这就导致自然保护区在管理上比较松散，无权利人对权利受损进行维权，各类违法违规问题更是无法杜绝。特别是一部分自然保护区在设立之初就存在各种硬伤，很多自然保护区在计划设立时就未征求拟纳入自然保护区范围内所有土地、林地权利人、历史存在的镇村负责人、企业、农田等各类生产生活设施权利人的同意，未通过补偿、置换、征用等措施与原来的权利人达成协议，条例也未对解决这些历史遗留的问题进行明确规定。虽然国土资源部曾经发文明确土地权属不影响管理权限，但在实际执行上难度很大，因此产生的发展和保护之间的矛盾时常发生。另外，权利人的不明确也导致自然保护区的主管部门以及所在地的地方各级政府不愿意主动投入大量的资金来解决这些历史遗留问题，导致部分自然保护区内的生态破坏问题持续恶化。
四是条例与其他法律衔接不畅的问题比较普遍。部分行业的法律对保护区内规划项目的审批实施有着严格的要求，但由于条例位阶相对较低，有的法律、部门规章等对自然保护区的保护未提及，致使其他部门尤其是规划、项目的审批部门，对其认识不到位，在审批过程中容易忽略。例如在扎龙、挠力河、黄河湿地等湿地类型的自然保护区内批准并实施大规模的农业开发项目，大范围地破坏湿地、草地等生态系统；在肇源沿江湿地等自然保护区的河道内批准河道采砂规划并发放采砂许可证，在朱鹮等自然保护区内批准并延续探矿采矿证违法开山采石，对保护区的野生动植物及生态系统产生严重破坏，无法恢复。
五是法律的规范性不足，违法责任和违法成本太低。条例制定和实施于上世纪90年代，随着经济社会快速发展转型、对生态环境价值认识的不断提高，当年立法时所规定的违法责任和违法成本相对违法行为已经太低，无法对违法行为进行有效引导和规范。条例第四章法律责任部分中，部分违法行为无配套的罚则，有的罚则仅仅是恢复原状，罚款最多不到1万元人民币，对违法者基本无能力约束，很难强制实施。对大部分违法违规责任仅仅是原则性条款，基本无法执行。
