制度层面，刘士余肯定了2016年新三板的发展，并表示新三板市场受到外界很大的关注，去年挂牌企业数量翻一番，年底超过一万家，当年融资规模超过1391亿元；刘士余认为，2016年新三板落地的分层制度是完善中国资本市场的基础性制度之一。
值得注意的是，刘士余用“稳、严、进”来总结2016年中国资本市场发展，并把新三板分层制度放在“进”中。
对此，有券商分析人士对中国网财经记者表示，监管层政策在“稳”的方面更加突出“进”，并特别强调资本市场参与者达成共识的一些关键性制度必须迈出关键步伐，这说明市场期待的新三板制度利好未来必定出台。
另外，刘士余表示，目前不光沪深两所吸纳新公司的能力在增强，新三板在这方面的能力越来越突出，并在解决IPO“堰塞湖”问题中发挥更大作用。刘士余强调，资本市场的根本动力在于为实体经济服务，这样才能长久，同时长久就必须有新的公司进来，以增加市场流动性和投资价值。
作为证监会具体负责新三板工作的副主席，赵争平表示，新三板为缓解中小微企业融资难、融资贵提供了实实在在的支持，截至目前，新三板挂牌企业已经累计完成股权融资达到2900多亿元；现在的新三板市场已经是多层次市场体系的一个重要组成部分，未来新三板市场对支持创新型、创业型、成长型中小微企业的发展还有巨大的潜力。
赵争平在讲话中重点提出，新三板改革成2017年多层次资本市场重要任务，而市场分层又是新三板改革的重点。
赵争平表示，通过分层管理，把发行、交易、投资者准入和监管等多方面的改革串联，为众多的挂牌企业提供差异化的制度供给，进一步释放市场的积极效用，重点去支持创新能力强、诚实守信、运作规范、前景广阔的中小微企业加快发展。
安信证券新三板诸海滨团队认为，这是监管层首次明确新三板分层完善。新三板除融资功能外，还有交易制度、投资者准入制度可能也要借助分层完善。基于此，安信证券新三板诸海滨团队预计2017年新三板改革在交易制度、投资者准入制度等关键领域将有突破。
同时，前述券商分析人士对中国网财经记者表示，监管层在“稳中求进”的政策基调背景下，提出新三板改革重点是市场分层，表明会优化现有基础层和创新层制度，同时，创新层内部再分为精选层势在必行。另外，针对不同层次公司的差异性制度利好必定会推出，例如“小IPO发行”、降低投资者门槛，以及针对精选层公司的竞价交易等。
新鼎资本董事长、“啃哥”张驰在接收中国网财经记者采访时认为，若在已有创新层实施竞价交易风险较大，所以未来推出精选层，在其中实施竞价交易的可能性更大。
赵争平另表示，证监会将采取多方面的措施去支持区域性股权市场，研究完善新三板市场和区域性股权市场的合作对接机制。
安信证券新三板诸海滨团队认为，区域股权市场的定位可能主要解决未盈利企业的融资问题，同时将培育优良的企业提到新三板，有利于提高新三板企业整体质量。另外，在新三板内部再分层制度完善，有利于解决不同风险偏好的投资人需求和不同企业的融资需求。
