随着我国城市和工业污染防治力度的不断加大，流域内城市污水和工业废水等点源污染治理成效显著，而来自于农村地区的生活污水、生活垃圾、畜禽粪便、过量使用的化肥农药等非点源污染成为流域水环境污染、湖泊富营养化的重要影响因素。农村非点源污染具有量大、面广、随机性强等特点，治理农村非点源污染缺乏有效抓手一直是各地政府面临的实际困难。《规划》结合流域水质改善要求，推动水环境管理向精细化发展，从流域尺度统筹规划、精准发力，创新了流域农村非点源污染治理的思路和模式。
1 农村环境综合整治整体布局
我国当前农村非点源污染形势严峻，主要有以下3方面问题：一是村庄人居环境形势严峻。村庄环境基础设施严重不足，多数村庄环境仍“脏乱差”。全国仍有40%的建制村没有垃圾收集处理设施，78%的建制村未建设污水处理设施，40%的畜禽养殖废弃物未得到资源化利用或无害化处理。38%的农村饮用水水源地未划定保护区（或保护范围），49%未规范设置警示标志，一些地方农村饮用水水源存在安全隐患。
二是农业面源污染问题严重。据统计，2014年底全国化肥施用量为5995.94万吨，比2005年的4766.2万吨增加了26%；农药使用量为180.69万吨，比2005年的145.99万吨增加了24%；而化肥和农药有效利用率不到40%，流失的化肥和农药造成了水体和土壤污染。
三是流域农村非点源污染凸显。有关研究表明，氮、磷等湖泊富营养化营养元素与流域点源、非点源排放密切相关，随着点源治理水平的逐步提高，农村非点源污染的比重和危害正逐步增大，已成为多数流域水环境改善的制约瓶颈。据《2015中国环境状况公报》，太湖、巢湖、滇池水质状况分别为轻度污染、中度污染和重度污染，其中，总磷是“三湖”共有的主要污染指标。流域内农村生活污染、化肥农药的过量施用，是导致湖泊水体总磷超标的主要因素，也是导致湖泊富营养化的主要因素。
《规划》按照“抓两头、带中间”的水污染防治思路，优先将“好水”和“差水”周边的村庄纳入《规划》重点整治区域，坚持将自上而下、自下而上相结合的原则，将“到2020年，新增完成环境综合整治的建制村13万个”目标任务分解落实到各地重要饮用水水源地周边地区和水质改善控制单元。其中，“好水”周边村庄是指南水北调东线中线水源地及其输水沿线，以及其他重要饮用水水源地涉及的村庄；“差水”周边村庄是指“十三五”时期全国343个水质需改善控制单元范围内的村庄。
“十三五”期间，《规划》范围涉及各省（区、市）的14万个建制村。整治重点为“好水”和“差水”周边的村庄，涉及1805个县（市、区）12.82万个建制村，约占全国整治任务的92%，整治建制村数量分布情况见图1。“好水”周边村庄涉及1132个县（市、区）的8.15万个建制村，约占全国整治任务的58%，见图2。“差水”周边村庄涉及673个县（市、区）的4.67万个建制村，约占全国整治任务的34%，见图3。
2 促进水环境改善的建议
流域水环境污染防治是一项系统工程，涉及工业源、生活源和农业源等综合治理。《规划》是指导各地“十三五”期间开展农村环境综合整治的指导性文件，对改善农村人居环境质量、促进流域水环境质量改善具有重要意义。为推动《规划》目标任务落地，结合农村环保工作存在的突出问题，提出以下建议。
一是流域水污染防治规划或方案要与《规划》相衔接。各地编制规划或方案时，要将农村环境综合整治作为农村非点源污染治理的重要抓手。围绕《规划》确定的重点整治区域，结合化肥和农药使用量零增长行动等农业非点源治理工作，协同推进流域农村非点源污染治理。
二是统筹县域农村产业发展与有机废弃物资源化利用。县级人民政府作为农村环境保护的责任主体，一方面要科学评估县域农村有机垃圾、畜禽养殖粪便、农作物秸秆等产生量和空间分布情况，合理配置垃圾分类转运处理设施、粪便资源化利用和治理设施、秸秆综合利用设备和设施等；另一方面，要把脉县域自然资源和地理区位优势，以县为单元，推广农牧结合、种养结合、生态循环的发展模式，大力发展有机绿色循环农业，打造区域特色名优农产品。
三是创新农村环境基础设施建设运营模式。探索更加灵活的措施鼓励社会投资，鼓励多种形式的项目捆绑招商。以县（市、区）为单元，将全县或乡镇生活污水收集和处理、垃圾处理项目按行业统一捆绑招商；将新建城镇污水或垃圾处理项目与乡镇生活污水或垃圾处理项目捆绑招商；鼓励政府采用委托专业化污水或垃圾处理企业代建并统一委托运营的模式，实行专业化建设运营；各地在小城镇综合开发、土地开发、旅游开发、特色产业经营等项目招商中可将生活污水和垃圾处理项目一并捆绑。
四是强化农民在农村非点源治理中的主体地位。尊重农民意愿，方便生产生活，与促进农民创业就业和增收相结合。建立农村非点源治理自下而上的民主决策机制，推行项目规划、建设、管理的“村民议村民定、村民建村民管”的实施机制。完善村务公开制度，推行项目公开、合同公开、投资额公开。结合生态农业建设、化肥农药使用量零增长行动、耕地质量保护与提升行动、土壤有机质提升奖励政策等，引导农民增施有机肥。
