通知指出，委局属管医院是公立医院的“国家队”，要做好委局属管医院参加属地公立医院综合改革有关工作，即委局属管医院要在2017年9月30日前全部取消药品加成（中药饮片除外），破除以药补医机制，建立维护公益性、调动积极性、保障可持续的公立医院运行新机制和决策、执行、监督相互协调、相互制衡、相互促进的治理机制，加快建立现代医院管理制度。
通知要求，委局属管医院要成立由主要负责同志任组长的改革领导小组，主要负责同志亲自抓、负总责，切实做好改革实施工作。认真执行属地医疗服务价格改革政策，提高体现医务人员技术劳务价值的医疗服务收入在医院总收入中的比例。按照“国家队”功能定位，开展与其相适应的医疗服务项目，积极开展技术难度和风险程度高的新技术、新项目。严格控制特需医疗服务规模，积极参与分级诊疗制度建设，率先全部参与医疗联合体建设并发挥引领作用。积极参加属地药品、高值医用耗材集中采购，鼓励委局属管医院联合组建或与地方医院联合组建采购集团，发挥批量采购优势。积极参加属地医保支付方式改革，逐步减少按项目收付费数量，扩大按病种和按服务单元收付费范围。率先落实进一步改善医疗服务行动计划。7月底前全部完成总会计师设立工作。按照属设和设备购置、重点学科发展等的投入力度，严禁举债建设。中央财政要统筹考虑取消药品加成情况，对委局属管医院推进公立医院综合改革、建立现代医院管理制度给予奖励补助，对改革进展快、成效好的医院以及肿瘤、精神疾病等专科医院给予倾斜。
