《意见》要求，完善医院管理制度，首次提出各级各类医院应制定章程，以章程为统领，建立健全内部管理机构、管理制度、议事规则、办事程序等，规范内部治理结构和权力运行规则。制定公立医院章程时，要明确党组织在医院内部治理结构中的地位和作用。
《意见》要求健全医院决策机制。院长办公会议是公立医院行政、业务议事决策机构，对讨论研究事项作出决定。公立医院发展规划、“三重一大”等重大事项，以及涉及医务人员切身利益的重要问题，要经医院党组织会议研究讨论同意，保证党组织意图在决策中得到充分体现。对于资产多元化、实行托管的医院以及医疗联合体等，可在医院层面成立理事会。
《意见》提出，要发挥专家治院作用，组建医疗质量安全管理、药事管理等专业委员会，对专业性、技术性强的决策事项提供技术咨询和可行性论证。要健全以职工代表大会为基本形式的民主管理制度，让职工参与民主决策、民主管理和民主监督。
《意见》强调，要加强医院党的建设。充分发挥公立医院党委的领导核心作用，抓好对医院工作的政治、思想和组织领导，把方向、管大局、保落实。把党的领导融入公立医院治理结构，医院党组织领导班子成员应进入医院管理层或理事会，医院管理层或理事会党员成员一般应进入党组织领导班子。
《意见》明确了政府对公立医院的举办职能，要求全面落实对符合区域卫生规划的公立医院投入政策，逐步偿还和化解符合条件的公立医院长期债务。逐步建立医疗服务价格动态调整机制，建立适应医疗行业特点的薪酬制度，着力体现医务人员技术劳务价值。
