“僵尸企业”危害不止于其本身造成社会资源无效占用与耗费。在更宽视野中，由其导致的一系列负外部效应更是损及经济体整体效率提升，其中主要体现在：
首先，“僵尸企业”导致市场化价格体系被扭曲。以资金成本为例，近年来我国经济运行过程中非常“奇特”的现象之一就是，在利率管制基本全部被放开的情况下，宽货币(截至2016年底，我国M2与GDP之比已高至罕见的2.08)与高利率始终并行(无风险收益率始终在2.7%～4.6%区间内波动，与发达国家普遍低至0附近的低利率状况形成鲜明反差)，而造成这种现象很重要的成因，在于大量“僵尸企业”可以无视债务压力，在融资市场对市场化企业进行“挤出”。
其次，“僵尸企业”导致产能过剩问题不断恶化。这不仅因为“僵尸企业”迟迟不能退出市场，造成过剩产能无法在市场机制下实现“出清”，更在于“僵尸企业”作为一种事实存在，表明经济体中确实存在某种逆向选择，某些国企不以利润为经营目标，只管将规模执着扩张至“大到不能倒”，就可以获得免遭市场机制惩罚的“特权”，而这种本不应存在的示范效应，实际在激励新的产能过剩问题发生。
第三，“僵尸企业”已经开始危及不发生系统性金融风险的安全底线。这一问题产生的逻辑可大致归结为，中国的企业债务率之所以一路飙高到必须痛下决心去杠杆的程度，很重要的原因在于大量无法产生正常回报的“僵尸企业”不能通过生产运营创造利润来还本付息，因此其“滚雪球”式的债务负担经由量变到质变(有研究表明，目前我国新增广义信贷扩张中，用于实体经济主体还本付息的比重已经高达52%)，实际已成为宏观货币超常规增长的重要乃至最重要推力。
这也正是为什么中央政府自2015年以来，反复要求对“僵尸企业”进行摸底并及时清理的原因。其中仅去年一年，实际已清理退出“僵尸企业”4977户，涉及资产4119.9亿元。预计未来时期，这项工作必然还会以更大力度向前推进。
当然，正因为“僵尸企业”危害巨大，所以在对其不断加大清理力度的同时，尤其要警惕前车之鉴，对潜在的“僵尸企业”必须加以足够防范。在当前民间投资意愿仍在筑底回升阶段，“稳增长”任务客观要求政府性投资与国企投资保持较高增长速度的情况下，更要立足从根源上加速完善市场机制。其中的重点是：一方面，扩大市场准入，减少行政干预，引导民间投资通过多种途径进入更多领域；另一方面，强化竞争机制，收紧预算约束，逼迫政府与国企投资更为注重效率，更为保持谦抑。
