《首都卫生发展科研专项管理办法》指出，项目承担单位转化科技成果所获得的收入全部留归单位，纳入单位预算。可以将科技成果转化所获收益的70%及以上的比例，用于对科技成果完成人和为科技成果转化作出重要贡献的人员的奖励和报酬。国有企事业单位应当将转化科技成果所获收益中用于人员的奖励和报酬支出，一次性计入当年本单位工资总额，但不受当年本单位工资总额限制。
《办法》强调，在兼顾数据保密与安全的原则下，研究产生的科学数据应当向社会开放共享。同时，建立成果库并实施科技成果定期报告制度。
《办法》以突出卫生与健康行业特色为原则，对项目定位进行了明确。其中，在支持项目类型上，确定为重点攻关项目、自主创新项目、基层普及项目和青年优才项目4类。同时，将项目申请单位范围拓宽为医学研究机构，鼓励全行业科研机构参与项目。
与此前试行办法相比，《办法》增加了项目负责人在原始数据保存、数据共享、伦理管理方面的职责，增加了项目承担单位在项目全过程监管、数据共享、不良事件记录、报告和处理、成果转化及知识产权保护、档案管理等方面的职责。对科研失信行为、项目管理失信行为等强化惩罚力度
