随着城市的快速发展，园区内出现河水水质恶化、本地动植物减少、公园内部道路设置不合理、休憩设施不足、硬质挡墙阻碍使用功能等生态与功能方面的问题。
万绿园生态修复和功能修补改造工程2017年7月启动，开展生态修复，加强海绵城市建设，完善综合性服务设施。通过此次改造工程，共计增加游览面积21.4公顷，占总面积比例约30%。
通过生态修复，完善园区功能。将闲置空间充分利用，根据不同人群活动特点增设特色场地，如儿童活动乐园、健身活动区。在滨水区域种植红树及伴生植物等，选种红树品种有10种，数量达到4万株，水质好转，鱼类增加，吸引白鹭回归。海口万绿园生态修复工程第一阶段计划春节前全面完工，第二阶段预计2018年年底完工。
