《通知》要求，省属公立医院人员经费占总支出的比例原则上不得超过45%（专科医院原则上不得超过50%）。以市（州）为单位，甘孜、阿坝、凉山三州公立医院人员经费占总支出的总体比例原则上不得超过50%（专科医院原则上不得超过55%）；其他市公立医院人员经费占总支出的总体比例原则上不得超过45%（专科医院原则上不得超过50%）。各市（州）可对辖区内各公立医院分别确定具体比例。
医院要严格控制管理费用支出，管理经费占总支出的比例不得超过15%。特殊情况下，由医院统一管理的离退休经费占管理费用支出的比例达到60%及以上的，管理经费占总支出的比例不得超过20%。
《通知》规定，医院年终按业务收支结余待分配额的60%提取事业基金，专门用于医院事业发展及弥补亏损。对于事业基金滚存较多的医院，在编制年度预算时应安排一定数量的事业基金；医院年终按业务收支结余待分配额的10%提取职工福利基金，专门用于职工集体福利设施和集体福利待遇。职工福利基金结余较多的医院，可以适当降低提取比例或暂停提取，相应降低或暂停提取的部分划入事业基金。医院年终按业务收支结余待分配额的30%提取奖励基金，主要用于医院人员考核奖励。同级人力资源和社会保障、财政部门结合单位公益目标完成情况、绩效考核结果、奖励基金计提情况等，合理调整公立医院绩效工资总量。
