划定落图阶段要上下联动、充分沟通，基本确定生态保护红线的边界。上下联动、部门联动是划定并严守生态保护红线的程序要求，是统一认识、统一标准、统一步调的基本保障，同样是解决红线划定过程中遇到障碍的必要条件。加强生态保护红线专题培训，纵向到底，有关业务主管部门积极参与，是顶层设计消除障碍的出路；横向到边，县乡基层政府要高度重视，有关业务部门不仅要贯彻好上级业务主管部门的要求，而且要有全局观念，统筹协调达成共识。省级以上主管部门要统一标准（技术指南）、统一监管平台（管理用办公软件）、统一核定工具（坐标定位工具），最终取向是理论数据和现实情况要高度准确一致，避免较大的偏差。
现场勘查阶段重点核查争议区域、调减区域边界的红线，完全确立生态保护红线边界。在勘界定标过程中进一步核实修正划定阶段的偏差，问题突出的进行不可避免性论证。
一是省级以上业务主管部门进一步完善相应的数据。有关业务主管部门要对国家级和省级禁止开发区域进行再调整、再确认，把禁止开发区域内的不同功能分区进一步明确，做到应划尽划；各地结合实际情况，从生态功能的重要性出发、从事关国家安全大局出发，将有必要实施严格保护的各类保护地纳入生态保护红线范围，使极小种群物种分布的栖息地、国家一级公益林、国家级水土流失重点预防区等纳入生态保护红线进行管理；将事关军事安全、稀有战略资源安全等敏感区域划入生态保护红线，避免生态保护红线划定而引起的其他问题。
二是红线管理人员尽快进入角色。省级以上部门把握方向，综合地方在划定过程中提出的问题，按照管理办法和技术指南进行不可避免性论证，将确实需要保护且有生态功能价值的区域补充到红线中去。市级以下管理部门要不折不扣把生态保护红线管理办法执行到位，不但要重视生态补偿，而且要把履职尽责情况列入领导干部离任审计、提拔重用等生态考核中。尤其是县乡镇管理人员，不仅是划定的参与者，又是严守红线的管理者，责任重大。
生态保护红线管理过程中，部分修正红线边界。按照《生态保护红线管理办法（暂行）》的要求，每5年要开展一次生态保护红线优化调整。在管理阶段发现的遗留问题，由相关部门进行技术性论证后适时进行优化调整
