然而，正是这则批示，让马正其在从政生涯中陷入了新一轮旋涡。2002年，位于三峡库区的万州区对万州区乳品公司和万州区蔬菜饮食服务公司进行了合并，组建为万州区乳峰乳业（集团）有限公司。2002年4月，重庆天健会计师事务所万州分所出具的验资报告中显示，万州区乳峰乳业（集团）有限公司国有资产为2770.6782万元。
作为万州区唯一的乳制品企业，万州区乳峰乳业似乎会在重组后步入一个健康发展的通道。然而，在2002年3月，时任万州区商贸委副主任、商贸企业改革领导小组负责人的牟东安，开始兼任这家公司的董事长，并在随后启动了万州乳峰乳业改制工作。《中国经营报》记者掌握的万州乳峰乳业员工的举报信称，2002年年底，牟东安的妻子冯国琼等人以172.5万元获得了万州乳峰乳业公司的全部股份，万州乳峰乳业公司也从国有变成了私营企业。
记者从工商登记资料中查询到，现在全名为重庆市万州区乳峰乳业有限公司，企业性质为有限责任公司（私营），法人代表刘弘（乳峰乳业成立之前，其担任万州区商贸委企业指导科科长），注册资本金为172.5万元。根据万州乳峰乳业公开的资料显示，该公司已拥有8条国际国内先进的乳品加工生产线，年乳品生产能力1.4万吨，拥有西南地区最大的优质高产奶牛养殖基地3个。但是万州乳峰乳业在2012年陷入了岳池县学生奶中毒事件。2012年10月，四川省学生饮用奶办接到关于暂停重庆市万州区乳峰乳业有限公司在四川地区供应学生饮用奶的通知。
2700多万的国有资产被疑似172.5万元的价格出售，引发了部分上访和举报。此外，时任万州区商贸委主任的贾在云也在乳峰乳业调研时发现了问题。万州区商贸委的工作汇报显示，2003年1月19日，万州区商贸委主任贾在云前往乳峰乳业调研时发现：在商贸委其他领导和国有资产管理部门均不知情的情况下，这家公司竟已成为牟东安和刘弘控制下的民营企业。这个净资产为2770万元的国企，仅以170余万元售出，而主要的受买人，就是牟东安和刘弘。
该工作汇报中还将群众反映的贱卖国有资产、实际操作不规范、公务员任董事会成员持大股不合法等问题向万州区委和区政府主要领导进行了如实反映。万州商业委员会还在处理意见中提出，不能够以思想开拓、“改革”为名，唯我所用，片面地执行甚至歪曲理解法律法规和政策规定。
然而，万州市商委的汇报，并没有达到预期效果，反而促使马正其做出了“木已成舟”的批示。此后，相关部门对于万州乳峰乳业涉及的违法违纪问题予以搁置。刘虎在举报中指出，马正其的上述行为，造成了数千万元国有资产的流失，还纵容了公务员违纪、违法犯罪，是严重的渎职犯罪行为；还可能涉及利益交换。刘虎在举报中还吁请中纪委等有关部门对马正其立即停职，展开调查。
重庆政商生态生变
对于刘虎的举报，国家工商总局除了表态将向上级领导汇报之外，目前并没有进一步的进展。
7月31日下午，国家工商总局党组分别举行中心组教育实践活动第四次专题学习和各单位主要负责人会议，马正其也出席了相关学习和会议。
自1976年开始工作，2013年4月调离重庆，马正其都是在重庆任职。从2002年到2007年，担任重庆市委常委、万州区委书记是其从政生涯中极为重要的一笔。然而，影响极大的万州事件和此次举报涉及的改制问题，均发生在马正其主政万州期间。
其主政期间，恰恰是三峡库区矛盾最为激化的时期。1999年，国家对三峡库区实行“两个调整”（鼓励更多农村移民外迁安置；工矿企业关停淘汰一批）以来，关闭了大量的工业企业，导致了本来基础就落后的三峡库区工业基础更加薄弱。
据了解，根据重庆市的规划，库区1397户工矿企业，保留发展的只有389户，不到企业总数的三成；破产关闭802户，占57%；资产重组减少206户，占15%。而此举进一步加剧了库区产业空心化。据三峡移民与经济开发研究所所长熊建立教授统计，1999年以后，万州就关破了74%的企业，下岗人员达到4.7万人。他在《走进三峡腹地》一书中指出，三峡库区面临的就业压力之大，国内外罕见。
而且在企业破产关停过程中，不少国有企业改制快速推进。一位重庆市官员表示，改制中，很多企业甚至是零转让，存在简单粗暴的做法，国有资产存在严重的流失情况，直到目前还有不少企业职工在上访。
然而，国家层面对于三峡库区产业空心化以及改制过程中的违法违纪问题，并没有予以高度重视并及时解决，三峡库区逐步呈现出不稳定因素。矛盾激化之后，2004年10月万州事件爆发。
万州事件爆发之时，马正其正在中央党校学习。该事件的爆发，让国家层面由此开始高度重视万州以及三峡库区面临的产业空心化问题。但是，马正其的仕途并未受到该事件的影响，2007年1月，马正其离开万州，出任重庆市副市长，并在2010年4月担任重庆市常务副市长。
今年全国两会期间，重庆官场曾传出一则马正其将出任湖南省省长的消息。但是，最终马正其却在2013年4月调任国家工商总局。
而在马正其调动之外，今年以来重庆官场还发生了频繁的变动，多位市委常委、副部级官员的职位进行了调整。2013年3月，原重庆市委常委、两江新区管委会主任徐鸣调任国家粮食总局副局长。2013年4月，兵器工业集团公司总经理张国清调任重庆担任市委副书记。2013年7月，重庆统战部部长、组织部长、纪委书记也相继进行了调整。
8月2日，举报人刘虎表示，目前已经得到数百位媒体记者的慰问，并接到多宗涉及马正其的举报。未来事件还将如何发展，对于震荡中的重庆官场还会带来怎样的影响？本报将会持续予以关注
