水质好，首先与岸上治理有关。
上世纪90年代，西湖周边农村养殖场很多，许多河段的水质一度为劣Ⅴ类。为治理岸上面源污染，当地对生活污水进行了全方位管控。污水从农户家排出后，收集到终端设施，经过技术处理，再集中到人工湿地，进行沉淀和植被吸附处理。
“处理后的水基本上可以排到河道，剩余的淤泥及废弃物，我们也充分利用。”杭州市西湖区住建局相关负责人介绍，西湖区首个专门针对淤泥的处理中心已建成，处理后的固态物质可用作绿化肥料。
在紧邻西湖灵山景区的湖埠村，村民符莉芳开了一家民宿。谈到这些年的变化，符莉芳感慨地说：“这么好的山水如果被污水拉低了印象分，那才冤！现在环境越来越好，游客也越来越多。”目前，西湖区的31个村（社）有了农村生活污水处理设施，平均处理规模为40.23吨/天，1.2万余户农户受益。
岸上治理的同时，西湖周边区域还采取生物治水措施。
西湖三面环山，周围溪流泥沙不断注入，势必影响湖水的清洁。相关部门尝试着在水底种草。浅一些的地方，人可以站到湖里，将草一棵棵种下去。但深水处怎么办？通过反复摸索，工作人员找到了诀窍——先抟土成块，把种子包在土里，再连土块一起抛向预定位置。
据统计，从2011年至今，西湖已培植“水下草原”31.7万平方米。几十种水草在湖底争相“抢地盘”，这些草年年开花、结籽，籽顺着水流到处安家，长势一年比一年好。水生植物不但固定了淤泥，而且净化了水质。
在西湖周边最大的水域西溪湿地，每年都会投放鱼苗。鱼苗将水中富营养化物质当作饵料，水质便可得到净化。同时，西溪湿地还在主航道以及与河道连通的水域种植芦苇、茭白等典型湿地植物。现在，流出湿地的水，水质均达到Ⅱ类标准。
此外，西湖区还引进了外来入侵生物福寿螺的天敌——本地鱼类螺蛳青，帮助曾被福寿螺搅浑的河流恢复清澈。
这种系统生态治理方法在西湖治理中被广泛推广。在小紫金港河，河里有生产者：水底是沉水植物苦草，漂浮在水中的是狐尾藻和景观睡莲，它们分工合作，净化不同部位的水体；河里也有消费者：引入青虾和肉食性的黑鱼，鱼吃虾，鱼虾的排泄物又给植物提供肥料，形成一个循环系统；河里还有分解者：微生物担负起分解氨氮、净化水体的职责。
