作为落实北京新总规、推进非首都功能疏解、贯彻京津冀协同发展战略首个重点医疗项目和通州区首个“三甲”综合医院，北京友谊医院通州院区于2018年12月开诊，有效提升了城市副中心医疗服务水平。2019年12月27日，北京友谊医院通州院区二期建设项目开工建设。2021年12月23日，项目完成主体结构封顶，2023年9月竣工验收。“这是落实新版北京城市总体规划、推进健康北京建设的惠民工程。”北京友谊医院相关负责人表示。
北京友谊医院通州院区二期项目总建筑面积9万平方米，包括急诊医技楼等功能用房及配套设施用房。开诊后，医院总床位数将达到1050张，急诊、内镜中心、透析中心将搬至急诊医技楼，放射检查和手术室等相应配套设施更加齐全。
作为全球20个最佳内镜中心之一，北京友谊医院消化内镜中心自2018年12月落地通州，五年来完成内镜诊疗近6万台。通州院区二期项目全面开诊运行后，通州院区的消化内镜中心将整体搬至新启用的急诊医技楼三层。消化内镜中心面积将扩大至2000平方米，设置有12个操作间，13个操作台，预计诊疗服务能力将提升至目前的三倍。同时，新的消化内镜中心将新增包括消化内镜、超声内镜、胆道镜等多套先进的仪器设备，设备设施将更加完善，内镜诊疗能力将得到显著提升，可为患者提供更全面、更先进的医疗服务。12月21日开始，通州院区所有的消化内镜检查和治疗都将在新的消化内镜中心进行。
友谊医院通州院区的急诊、透析中心、手术室等医疗资源将得到整合、完善，放射检查服务进一步优化。此外，友谊医院通州院区还将启用立体车库，新增机动车停车位598个，也将为患者提供更好的就医体验。北京友谊医院相关负责人表示，通州院区二期全面开诊后，友谊医院通州院区将成为北京东部和河北廊坊北三县地区疑难危重疾病诊疗中心和健康管理中心，着力提高疑难杂症及急危重症诊治水平和能力。
数据显示，北京友谊医院通州院区开诊五年来，医疗服务总量逐年递增，门急诊总量达458.9万人次，出院患者12.9万余人次，完成手术超过4.5万例。
