1、过滤原理不同
空气过滤棉是采用物理过滤的方式，而生化棉采用的是生物过滤。
物理过滤使用到的过滤原理：惯例原理、无规则布朗运动、吸附原理、静电原理、重力原理
生化棉的过滤：生化棉也有物理过滤的作用，但是最主要的作用是培养硝化细菌来分解水中的有害物质。
2、颜色与规格的不同
空气过滤棉：常见颜色有白色、绿白、蓝白
空气过滤棉规格：尺寸较大，常见的宽度有0.8米、1.6米、2米，长度有14米、21米，厚度有5毫米、10毫米、15毫米、20毫米、22毫米、50毫米、60毫米。
生化棉：绿色、蓝色、黑色、白色、标准色。
生化棉规格：常见的尺寸有宽1米，长1米、2米，厚38毫米。
3、过滤材料、密度、结构不同
空气过滤棉：使用合成纤维、玻璃纤维、活性炭。
生化棉：聚醚、聚酯
空气过滤棉的密度要大于生化棉，结构紧密，相比空气过滤棉，生化棉的密度大，比较疏松。生化棉的弹性要比空气过滤棉好。
4、使用寿命与用途不同
空气过滤棉，使用寿命在半年时间左右，生化棉的维护周期在2-3个月，而且清洗后可以重复使用。
空气过滤棉主要用在工业的喷涂、过滤上，例如汽车喷烤漆房、无尘车间、食品生产、空气冷却、电子产品的生产加工等，作用是过滤掉空气中的灰尘杂质。
生化棉主要用在养殖业，适用于海水缸、淡水缸和水草缸等观赏类水族箱，培养的硝化细菌能够分解水中有毒的氨气、NH4、二氧化氮。
